NEXUS FORMATI NEXUS bilgisayar programları, sistematik veri için tasarlanmış bir dosya formatıdır.
NUMBER NEXUS FORMATI (♯ NEXUS) kullanılır.
Biçiminin hedefleri ve özellikle bilgisayar işletim sisteminden bağımsız olarak kolay bir program tarafından işlenmek üzere, bilginin farklı türden içerecek şekilde, gelecekteki genişleme izin verilir.
Çeşitli programlar tarafından kullanılan bu bilgileri içeren takson, morfolojik ve moleküler karakterler, mesafeler, genetik kodları, ağaçlar… hakkında bilgiler içermektedir.
Parantez, kare Nexus formatına yerleştirilmiş olabilir. Bunlar herhangi bir noktaya yerleştirilebilir ve birçok amaçlar için kullanılmaktadır. Örneğin, yorum kullanarak dizileri açıklama ekleyebilirsiniz.
[----+-- 10 |----+-- 20 |----+-- 30 |----+-- 40 |----+-- 50 |---- ]
PAUP PAUP giriş dosyaları NEXUS dosya biçimine uygun komutları veya veri içeren standart metin dosyalarıdır.
Paup blok dosyası veri içinden kendini * komutları PAUP vermek için bir yol sağlar. Herhangi bir komut komut isteminde veya veri dosyasına yerleştirebilirsiniz menü komutlarını kullanarak gerçekleştirebilirsiniz.
Analiz için gerekli veriler şekildeki cihazdan elde edilen grafiklerdir. Bu grafikler “AFPL skorlama” programları ile elde edilir.
AFLP SKORLAMA
Geliştirilen AFLP skorlama programları, oluşan DNA fragmentlerinin matematiksel olarak ifade edilmesini sağlamaktadır.
Bu şekilde oluşturulan veri bankaları, verilerin yorumlanmasını kolaylaştırmaktadır.
önemi
AFLP taksonomik çalışmaları desteklemek için büyük ölçüde kabul edilmiştir. Çünkü AFLP aynı genomiğe sahip türlerin hangi birbirleri arasındaki ilişkileri net bir şekilde açıklar. Böylece tüm canlı grupların sınıflandırılmasında büyük önem taşımaktadır. Bunu bakteriler üzerinde yapılan bir örnekle şu şekilde analiz edebiliriz.
DNA HİZALAMA DNA, RNA veya protein dizilerini düzenleyerek benzer bölgelerin tespit edilmesidir. Bu bölgelerin benzer olması, diziler arasında işlevsel, yapısal veya evrimsel bir ilişki olduğu
anlamına gelir.
Hizalanmış nükleotit veya aminoasit kalıntı dizileri tipik olarak bir matriksin satırları olarak gösterilir. Kimyasal kalıntıları temsil eden harflerin arasına boşluklar konarak ardışık sütunlarda yer alan aynı veya benzer harflerin bir hizada olması (altalta gelmesi) sağlanır.
Dizi hizalamaları ClustalW gibi programlar kullanılarak otomatik olarak yapılabilmektedir. Ancak diziler yüksek oranda korunmuş değilse veya delesyonlar içeriyorsa hizalama yüksek oranda hatalara açıktır. Bu yüzden ribozomal DNA ve çok değişken gen bölgelerinin hizalamaları göz ile kontrol edilmelidir. Hizalanamayan bölgelerdeki hatalardan kaçınmak için, bu bölgeler analiz öncesinde diziden çıkartılmalıdır.
CLUSTAL W Hizalanan (align edilen) diziler baştan aynı hizadaki baz ile başlayıp sondan da aynı hizadaki baz ile bitmelidir. Bunun için gerekirse fazlası olan diziler başlangıç ve sondan kesilir (trim edilir).
Başlangıç ve sondan fazlalıkların kesilerek aynı uzunluğa getirilen diziler fasta formatında kaydedilir.
Fasta formatındaki dizi veri dosyaları pek çok program tarafından tanınır. Ayrıca, bu formattaki diziler farklı formatlara da çevrilerek farklı programlar ile analiz edilmek için hazırdır.
Kullanma amacı
Her bir bireyin aynı lokusuna ait ileri ve geri primerler ile elde edilen (forward ve reverse) dizilerin kromatogramlarının tek tek gözden geçirilmesi ve her bir birey için ilgili bölgenin en ortak (consensus) dizilerinin oluşturulması.
MULTALİN
Multalin ilerici ikili diziler ile ilgili dizileri bir grup bir çoklu dizi hizalama oluşturur. Kullanılan yöntem "hiyerarşik kümeleme ile çoklu dizi hizalama“ açıklanabilmiştir.
ÇOKLU DİZİ HİZALAMA NEDİR..? Üç ya da çok biyolojik dizinin (genelde protein, DNA veya RNA dizisinin) dizi hizalanmasıdır. Çoğu durumda, girdi kümesindeki sorgu dizilerinin evrimsel bir ilişkiye sahip olduğu, yani ortak bir ataya sahip oldukları varsayılır.
Hizalamanın resimdeki gibi gösterimiyle noktasal mutasyonlar, hizalamadaki sütunlardan birinde farklı bir harf olarak, ensersiyon ve delesyonlar ise hizalamadaki satırlardan bir veya daha fazlasında tire şeklinde beliren eklemeler şeklinde mutasyon olayları görülebilir.
MULTALİN NASIL KULLANILIR ?
Multalin giriş sayfasında büyük bir dikdörtgen göreceksiniz. Bu, dizileri yapıştıracağımız olacak yerdir.
Bir sonraki adım parametreleri ayarlamaktır. Sadece menüleri veya gerekli metin veya sayı yazılır.
Daha sonra sonucu hesaplamak için beklemek zorundayız.
Sonucu bir GIF görüntüsü şeklinde internet tarayıcınızın geri gönderilecektir. Eğer renk, yazı tipi boyutu, çizgi büyüklüğü hatta uzlaşma düzeylerini değiştirmek mümkün olacak.
Prosedür sadece menüler ve gerekli metin veya sayı yazın kadar pop kullanın MultAlin kurulum için aynıdır. Her zaman "Değişiklikleri Uygula" butonuna basmak için hazırda bekleriz.
Yeni görüntü kısa bir süre sonra görünür.
Comments