Analisi di sequenze
Iniziamo con operazioni semplici ...
Il formato FASTA
Uso di ReadSeq
Esempi
Analisi di sequenze
Iniziamo con operazioni semplici ...
Il formato FASTA
Uso di ReadSeq
Esempi
Inverso complementare
Uso di BCM Reverse Complement
Esempi
Analisi di sequenze
Analisi di sequenze
Traduzione
Il codice genetico
Senza sovrapposizione triplette codoni
20 amminoacidi e 4 nucleotidi 4, 42, 43=64 piu’ parole del necessario degenerazione (tutti i codoni hanno un significato alcuni aa sono specificati da piu’ codoni.
Numero di codoni per aa: da 1 a 6
Vacillamento nella terza posizione.
Es. Serina
Codone tRNA anticodone
UCU o UCC tRNAser1 AGG + vacillamento
UCA o UCG tRNAser2 AGU + vacillamento
AGU o AGC tRNAser3 UCG + vacillamento
Codoni di STOP: UAG, UGA e UAA
Diversi codici genetici
Codice genetico mitocondriale di animali
AUA Met invece di Ile
UGA Trp invece di STOP
AGA e AGG STOP invece di Arg (UAA, UAG, AGA, AGG)
Altri codici in micoplasmi, protozoi e funghi.
Mascheramento
25% del genoma degli eucarioti e formata da DNA altamente ripetitivo
Ripetizioni in tandem, DNA a sequenza semplice (LCR regioni a bassa complessita’)
Sequenza delle ripetizioni e’ specie specifica
Primati: alpha satellite 340 basi
Minisatellite (6 bp) telomeri
Microsatellite (unita’<4 bp, <150 ripetizioni)
Uso di BCM RepeatMasker
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